Skipper, Kowalski, Rico, dan Private bergabung dengan organisasi rahasia The North Wind untuk menghentikan Dr . Octavius ​​Brine yang jahat dari menghancurkan dunia seperti yang kita kenal . Tim mata-mata super belum lahir - mereka sudah menetas . Temukan rahasia burung rahasia terhebat dan paling lucu dalam bisnis spionase global: Skipper, Kowalski, Rico, dan Prajurit . Para elit dari para elit ini bergabung dengan penyamaran yang apik Angin Utara . Dipimpin oleh serigala Eurasia yang tampan, Agen Rahasia (kami dapat memberi tahu Anda namanya, tapi kemudian - Anda tahu) . Bersama-sama, mereka harus menghentikan Dr . Octavius ​​Brine yang jahat, yang menghancurkan dunia seperti yang kita kenal . —Anonim Penguin dari Madagaskar mendapatkan filmnya sendiri dalam produksi DreamWorks Animation ini . Ketika gurita jahat bernama Dave (pengisi suara John Malkovich) menyusun rencana untuk melenyapkan penguin, Skipper (pengisi suara Tom McGrath), Kowalski (pengisi suara Chris Miller), (John DiMaggio) dan Prajurit (Christopher Knights) harus bekerja sama dengan organisasi hewan bawah tanah yang dikenal sebagai North Wind untuk menggagalkan rencana jahat . . Menyusul kejadian di Madagascar 3:

Europe's Most Wanted (2012) dan setelah upaya yang gagal untuk masuk ke Fort Knox, teman-teman Antartika yang pandai--Skipper, Kowalski, Rico, dan Private--menemukan diri mereka di tengah-tengah sumur ahli genetika berlendir, Dr Octavius ​​Brine, telah membuat rencana licik untuk mengungguli penguin di mana pun, dan hanya pasukan elit yang menyamar yang dikenal sebagai Angin Utara dan pemimpinnya, Agen Rahasia, yang dapat menyelamatkan situasi tersebut . Akankah tim antarspesies yang tak kenal takut menggagalkan rencana tersebut? rencana ilmuwan?—Nick Riganas Empat penguin jantan yang menjalankan misi yang tak terhitung jumlahnya bekerja sama dengan agen hewan rahasia untuk menghentikan dan menjatuhkan gurita jantan jahat yang membunuh semua penguin di dunia dan menghancurkan siklus sifat hewan sepanjang waktu di dunia . —RECB3 Di Antartika Selatan, tiga anak penguin Adelie bersaudara, Skipper (Tom McGrath), Kowalski (Chris Miller), dan Rico (Conrad Vernon), tidak pernah diterima karena rasa ingin tahu dan keterampilannya yang tinggi . Mereka akhirnya memutuskan untuk menolak alam dan menyelamatkan telur yatim piatu. anjing laut macan tutul lapar di kapal karam dan menempatkan diri mereka terapung di gunung es . Dari telur menetas Prajurit (Christopher Knights) yang mereka adopsi sebagai adik laki-laki mereka, dan keempatnya menjadi satu tim .

Mereka mengapung di gunung es melintasi lautan mencari tempat mereka dapat diterima, akhirnya mencapai Kota New York di mana mereka dipamerkan di Kebun Binatang Central Park . Satu dekade kemudian, tepat setelah peristiwa "Madagascar 3: Europe's Most Wanted", para Penguin telah melakukan banyak petualangan dan, sekarang dilatih Sirkus Eropa bernama Circus Zaragoza . Mereka berangkat dari sirkus dan merayakan ulang tahun Private' yang kesepuluh dengan membobol tempat penyimpanan Fort Knox di Kentucky sehingga Private dapat membeli Cheesy Dibbles, produk yang sudah tidak diproduksi lagi, dari mesin penjual otomatis di ruang istirahat mereka .Namun, Private mulai merasa tidak penting bagi tim . Meskipun Skipper adalah pemimpin dan ahli strategi, Kowalski adalah otaknya, dan Rico adalah spesialis persenjataan, Private terus-menerus disebut hanya sebagai wajah yang imut dan tampaknya tidak memiliki keterampilan yang luar biasa.. Penguin tiba-tiba terpikat ke dalam mesin oleh tentakel misterius dan diterbangkan dengan helikopter ke pangkalan kapal selam rahasia di Venesia, Italia . Di sana, Penguin bertemu dengan ilmuwan gila misterius bernama Profesor Octavius ​​Styroker Brine yang mengaku mengetahuipenguin . Dia kemudian melepas penyamarannya dan ternyata sebenarnya adalah David "Dave" si Gurita (John Malkovich), seekor gurita Pasifik Raksasa berwarna ungu yang menyamar menggunakan keterampilan kamuflase dan wajah mirip manusia .

Dave dulunya dipuja di Central daya tariknya, sampai para penguin datang dan tanpa sadar mencuri ketenarannya dengan kelucuan mereka . Gurita tersebut kemudian dikirim ke kebun binatang, akuarium, dan taman hiburan lain, namun setiap kali ketenarannya dicuri oleh penguin lain . Karena sakit hati, Dave kini ingin membalas dendam pada semuapenguin dan telah menyamar sebagai persona ilmuwan pemenang penghargaan . Rico menelan koleksi bola salju Dave bersama dengan penemuan senjata biologis terbarunya, ramuan "Medusa", dan pelarian Penguin . Penguin kemudian dikejar melalui kanal dan Venesia oleh kaki tangan cumi-cumi gurita Dave yang jahat . Terpojok di sebuah gang, Penguin diselamatkan oleh "Angin Utara", sebuah badan intelijen Arktik antar-spesies elit yang menyamar . Kelompok ini terdiri dari pemimpin mereka, seekor serigala Arktik bernama Agen Rahasia ( Cumberbatch), anjing laut harpa spesialis pembongkaran bernama Short Fuse (Ken Jeong), beruang kutub berotot bernama Kopral (Peter Stormare), dan burung hantu bersalju cerdas bernama Eva (Annet Mahendru), yang membuat Kowalski jatuh cinta . Penguin diterbangkan Pangkalan rahasia North Wind di dalam igloo besar, di mana agensi tersebut mengungkapkan tujuan mereka adalah untuk membantu hewan yang tidak dapat menahan diri dan bahwa mereka telah melacak Dave dan rencananya sejak lama, mencoba membawanya ke pengadilan .

Dave meretas sistem komunikasi dan mengungkapkan kepada kelompok bahwa dia memiliki lebih banyak serum daripada hanya tabung yang dicuri Penguin . Menjulukinya Serum Medusa, dia bertujuan untuk menggunakannya pada semua penguin yang mencuri ketenarannya di seluruh dunia . Meskipun Penguin menginginkannya di samping Angin Utara, mereka tidak percaya Penguin sebagai sekutu yang mampu karena ukuran mereka dan tampaknya tidak berpengalaman, dan menenangkan mereka, mengirimkan keempatnya dengan pesawat ke "pangkalan paling terpencil" mereka (yang kebetulan berada di Madagaskar) . di tengah penerbangan dan bersumpah untuk menyelamatkan spesies mereka tanpa bantuan Angin Utara . Keluar dari pesawat dan mendarat di Sahara, para penguin menuju ke kota Shanghai, Kota (yang mereka salah mengira Dublin), tempat mereka belajar dari kebun binatang di mana-mana . Menggunakan koleksi bola salju Dave yang ditelan Rico sebelumnya, para Penguin mengetahui bahwa dia akan menargetkan kebun binatang Shanghai Marine Life selanjutnya dan membuat rencana untuk menghentikan skema Dave . Private mulai merasa tidak penting bagi tim disuruh menjadi umpan dengan menyebabkan pengalihan . Rencana Penguin' berhasil, dan mereka menangkap Dave sebelum Angin Utara bisa . Namun, Dave berhasil melarikan diri melalui pipa dan berhasil menculik penguin kebun binatang, termasuk Prajurit .

Penguin Kapal Selam Brine Dave dengan pesawat berteknologi tinggi Angin Utara, tetapi secara tidak sengaja mengaktifkan penghancuran diri, dengan Angin Utara mengikuti di belakangnya . Kedua tim melacak Prajurit dengan perangkat pelacak yang sebelumnya ditanamkan ke pulau hutan tropis terpencil .Sementara itu, Dave mendemonstrasikan kepada Private bahwa Serum Medusa, ketika diledakkan dengan mesin laser, akan mengubah targetnya menjadi monster hibrida yang cacat secara fisik dan mental . Dia berencana untuk menggunakannya pada semua penguin yang dia tangkap sehingga masyarakat akan mengetahuinya. penampilan mereka bukannya dikagumi . Di pulau itu, Classified dan Skipper berdebat tentang cara terbaik untuk menghentikan Dave, tapi Skipper akhirnya mengalah ketika dia menyadari kepemimpinan Classified adalah yang terbaik untuk pelarian Private, karena mereka memiliki lebih banyak pengalaman dan Penguin menyebabkan pengalihan dengan bermain polka untuk penjaga Dave sementara Angin Utara menyelinap masuk dan menyudutkan Dave, hanya untuk disergap dan ditangkap . Penguin juga ditangkap setelah menyadari rencana Rahasia' gagal . Dengan sisa Penguin ditangkap mendemonstrasikan sinar Serum Medusa miliknya dengan mengujinya pada Private . Tampaknya untuk menguapkannya pada awalnya, tetapi, tanpa sepengetahuan karakternya, Private berhasil melepaskan diri dari ikatannya pada menit terakhir dengan penjepit kertas yang telah dia telan sebelumnya .

Sementara Dave menetapkan jalur untuk York City dan mengumpulkan penguinnya ke dalam kelompok besar, Prajurit menyelamatkan Angin Utara dari mesin penyiksaan Dave . Namun, sementara Prajurit ingin menyelamatkan yang lain, Angin Utara berencana untuk melarikan diri dan kembali ke markas mereka untuk mendapatkan lebih banyak peralatan sebelum menghadapi Dave Meskipun mereka berusaha membujuk untuk bergabung dengan mereka, Prajurit memilih untuk melakukan apa yang akan dilakukan Skipper dan kembali untuk membebaskan penguin sendirian . Setelah menerima berita bahwa dia telah menemukan penguin yang hilang, kapal selam Dave tiba di Kota New York, dan dia penguin, termasuk Skipper, Kowalski, dan Rico, dengan sinar mutasinya . Setelah melakukannya, dia melepaskan mereka kepada orang-orang yang ketakutan dengan penampilan dan perilaku mengerikan mereka . Private, melihat dia terlambat, menemukan Skipper, Kowalski, dan Rico keluar dari kondisi mental mereka yang rusak . Mereka menyimpulkan bahwa dengan membalikkan sinar tersebut, mereka dapat membalikkan efeknya . Namun, sementara Dave memiliki Serum Medusa, para Penguin akan membutuhkan sesuatu yang sangat lucu . Pribadi memilih untuk menggunakan dirinya sendiri sebagai sumber sinar tersebut menerima dampak apa pun yang akan terjadi padanya . Sayangnya, remote untuk sinar tersebut kehabisan daya dan Dave, mengetahui rencana mereka, mengirimkan anak buahnya untuk mengejar mereka .

Rico keluar untuk mencari lebih banyak baterai sementara Skipper dan Kowalski bertahan melawan cumi-cumi,menemukan diri mereka kalah jumlah . Angin Utara kembali dan menghancurkan kapal selam Dave sebelum ditangkap oleh unit pengendalian hama yang dipanggil untuk merawat penguin raksasa . Rico kembali dengan baterai dan tas baru Organic Cheesy Dibbles . Skipper baru sajaberhasil mengganti baterai di remote sebelum Dave menjatuhkannya . Tepat sebelum tertangkap oleh pengendalian hama, Skipper mengirimkan satu Dibble terbang ke arah remote dan menekan tombol aktivasi . Setelah menempelkan bola salju Dave ke sinar untuk membiaskanbeam, kelucuan Private' dimanfaatkan dan mengembalikan setiap penguin kembali ke penampilan aslinya . Namun, sebagai efek samping dari penggunaan sinar, Private telah diwarnai merah muda dan tanduk tumbuh . Meskipun penampilan barunya aneh, Penguin menunjukkan penampilan mereka yang aneh. dan rasa hormat yang baru ditemukan pada Prajurit . Dave juga telah bermutasi menjadi bayi lucu oleh sinar dan terjebak dalam bola salju di mana dia dikagumi oleh seorang gadis kecil (Angie Wu) . Akhirnya melihat satu sama lain sebagai setara, Classified meminta maaf karena salah menilai mereka dan para Penguin apa pun yang mereka inginkan . Selain Kowalski mendapatkan ciuman dari Eva, para Penguin diberikan jet-pack mereka sendiri . Keempat Penguin kemudian terbang di atas awan mencari petualangan berikutnya .

Dalam adegan pertengahan kredit, para Penguin seminggu kemudian dan colokkan Morty Lemur (Andy Richter) ke Medusa Laser dan gunakan dia untuk mengembalikan Private kembali normal . Mort tampaknya tidak menunjukkan efek samping apa pun dari sinar tersebut, sampai dia berhasil menelan Raja Julien XII (Danny Jacobs)