Kisah Koko, seorang anak lelaki yang dibesarkan oleh Pokémon, dan terciptanya ikatan baru antara manusia dan Pokémon . Di Hutan Okoya, Pokémon Mythical Zarude (Edward Bosco) menemukan seorang bayi laki-laki dalam buaian yang terdampar di tepi sungai . Tidak dapat meninggalkan anak itu sendirian, Zarude mengadopsi dia sebagai seorang putra, memberinya nama "Koko" mendiami Pohon Besar jauh di dalam hutan di mana manusia dilarang bertualang, untuk membesarkan Koko yang tumbuh sebagai anak liar . Sepuluh tahun kemudian, Ash Ketchum (Sarah Natochenny) dan Pikachu (Ikue Otani) mengunjungi Hutan Okoya dari dekat Milyfa untuk menangkap Cramorant liar, Ash dan Pikachu bertemu dengan tim peneliti dari Biotope Company, sebuah organisasi ilmiah yang mempelajari hutan . Team Rocket (Jessie (Michele Knotz), James (James Carter Cathcart) dan Meowth (James Carter Cathcart)), secara diam-diam mereka, mencari informasi tentang Perusahaan Biotope dan pemimpinnya Dr . Zed (Billy Kametz), dan memutuskan untuk menyusup ke grup . Sharon (Michelle Ruff) adalah peneliti di tim Zed . Zed sedang mencari mata air, yang airnya Koko merawat Pokemon di hutan dan menggunakan mata air di pohon raksasa untuk menyembuhkan mereka (ketika mereka terluka), meskipun Zarude yang lain menyerangnya karena mendekati wilayah mereka, yang mana dia dan ayahnya dilarang .

Nanti, Ash air terjun, setelah dia terjatuh dari pipa saat berayun di pohon anggur dengan Skwovet liar, dan mengambilnya dari air, membawanya ke Pusat Pokémon Kota Milyfa untuk perawatan . Ketika Koko terbangun, dia menjadi khawatir dan melarikan diri dari gedung melihat manusia lain sebelumnya . Menemukan bahwa Koko percaya dirinya adalah Pokémon, Ash dan Pikachu menghabiskan waktu bersamanya di kota, membantunya belajar tentang manusia untuk pertama kalinya . Ash, Pikachu dan Koko kemudian bertemu Zarude, yang terpaksa tentang warisan Koko . Zarude membawa mereka ke laboratorium terbengkalai yang dia temukan tak lama setelah mengadopsi Koko, di mana dia menunjukkan kepada mereka foto bayi Koko yang dia temukan bersama orang tua manusianya . Zarude kemudian pergi, kembali ke Pohon Besar sendirian . Zarude ingatbagaimana dia menunjukkan kepada Koko bagaimana Zarude dapat meminta bantuan dari hutan dan hutan menjawab . Menemukan dompet dari Perusahaan Biotope di laboratorium yang ditinggalkan, Ash membawa Koko ke markas mereka, di mana mereka bertemu dengan Dr . Zed . Dia mengungkapkan bahwa Koko' adalah Chrom dan Phossa Molybden, sepasang ilmuwan yang memimpin organisasi dalam meneliti mata air penyembuhan, dan nama asli Koko adalah Al Molybden . Namun, Chrom dan Phossa tewas dalam kecelakaan mobil sepuluh tahun yang lalu, yang diduga merupakan penyebab kematian.

baik . Dr . Zed memindai liontin Koko' dan menemukan data yang sebagian rusak di dalamnya yang mengungkapkan gambar Pohon Besar . Bingung atas berita nasib orang tuanya', Koko melarikan diri ke Pohon Besar juga . Segera setelah dia mencapai chip pelacak ditanam padanya oleh Dr . Zed . Zed tiba dengan tim risetnya, yang telah disusupi oleh Tim Rocket, bersama dengan tank raksasa seperti laba-laba . Koko dan Ash mencoba menghentikan tindakan Zed', tetapi dia menahannya menggunakan miliknya salah satu truknya . Dia kemudian menembakkan rudal ke Pohon Besar, meledakkan lubang terbuka tempat mata air menyembur keluar . Ash, Pikachu, dan Koko melarikan diri tanpa disadari dengan bantuan dari Tim Rocket saat mereka bergulat dengan Cramorant dari sebelumnya dan menghadapi Dr . Zed menderita gangguan psikotik dan mengakui bahwa, ketika Chrom dan Phossa Molybden menemukan lokasi Pohon Besar tetapi menolak untuk melanjutkan penelitiannya karena menghormati suku Zarude, dia membunuh pasangan itu dengan mengusir mereka dari jalan dan mencuri persediaan mereka.mata air sebelum meninggalkan mereka mati dalam ledakan mobil mereka yang rusak . Sebelum mereka binasa, Chrom dan Phossa mengirim bayi Al menyusuri sungai dengan drive berisi sisa penelitian mereka, menyebabkan Zarude menemukannya . Dr .

Zed merebut tank dari anak buahnya, dan Ash, Pikachu dan Koko mencoba melawannya tetapi tidak berhasil . Suku Zarude tiba, setelah diyakinkan untuk membantu menyelamatkan hutan oleh Zarude yang membesarkan Koko . Sosok ayah Koko juga membawa sekelompok sukunya karena perilaku egois mereka, untuk membantu . Zarude terluka dalam pertempuran dan hampir menyerah, tetapi Koko berhasil memanfaatkan kekuatan hutan seolah-olah dia memang seorang Pokémon, menyembuhkannya . Dengan semua kekuatan gabungan mereka, mereka berhasil sumber listrik, menonaktifkannya . Zed mencoba melarikan diri tetapi ditangkap oleh Koko . Setelah kejadian itu, manusia dan Pokémon bekerja sama untuk memulihkan kerusakan yang terjadi di hutan . Dr . Zed ditangkap karena kejahatannya dan dimasukkan ke dalam mobil polisi berdasarkan bukti yang dibocorkan oleh Tim Rocket . Koko memutuskan untuk pergi menjelajahi dunia manusia dan menjadi jembatan antara manusia dan Pokémon, membawa foto orang tuanya bersamanya . Saat dia dan Ash meninggalkan Hutan Okoya, mereka melihat Zarude berbalik mata air penyembuhan menjadi geyser untuk mengirim Koko pergi . Terhibur dengan hal ini, Koko pergi ke masa depannya, menerima identitas gandanya sebagai Zarude dan manusia . Di Pohon Besar, Zarude yang membesarkan Koko melihat seorang Celebi yang Mengkilap, yang mengamati Zarude Pokemon lainnya .