Awak USS Enterprise menjelajahi wilayah terjauh yang belum dipetakan, tempat mereka menghadapi musuh baru yang kejam, yang menguji mereka, dan segala sesuatu yang diperjuangkan Federasi. Setelah singgah di Starbase Yorktown, sebuah pos terpencil di pinggiran ruang Federasi, USS Enterprise, di tengah-tengah misi lima tahun mereka, dihancurkan oleh gelombang alien tak dikenal yang tak terhentikan . Dengan kru yang terdampar di planet tak dikenal dan tanpasarana penyelamatan yang nyata, mereka mendapati diri mereka berperang melawan musuh yang kejam dengan kebencian terhadap Federasi dan segala sesuatu yang diperjuangkannya. . Hanya pejuang alien pemberontak yang dapat membantu mereka bersatu kembali dan meninggalkan planet ini untuk menghentikan ancaman mematikan ini.memulai kemungkinan perang galaksi . —Paramount Pictures Melewati paruh pertama misi lima tahun mereka, Kapten Kirk dan kru USS Enterprise kini menjelajah ke wilayah yang belum dipetakan . Mereka tiba di Starbase Yorktown untuk cuti darat, Kirk bermaksud untuk dipromosikan menjadi Wakil Laksamana untuk tetap di sana dan telahmerekomendasikan Spock untuk posisinya saat ini sebagai kapten kapal . Setelah serangan dahsyat oleh pasukan besar alien tak dikenal, Kirk dan krunya mendapati diri mereka terdampar di planet tak dikenal tanpa sarana untuk menghubungi Federasi atau satu sama lain .

Panglima perang alienKrall mencari senjata kuno yang disebut Abronath yang disimpan Kirk setelah misi diplomatik yang gagal . Bersatu kembali dan dibantu oleh prajurit alien Jaylah, Kirk dan kru harus berjuang untuk bertahan hidup dan menghadapi ancaman mematikan ini dengan kebencian yang kuat terhadap Federasi .Akankah mereka mampu menghancurkan bahaya baru sebelum terlambat?—Blazer346 Kapten James Tiberius Kirk (Chris Pine) bertindak sebagai perantara diplomatik bagi Fibonian dalam misi ke Teenaxi . Dia menawarkan Teenaxi Arbonath, bagian dari senjata sebagai hadiah dan proposal gencatan senjata . Teenaxi menyerang Kirk ketika mereka melakukannya Fibonian (dan percaya senjatanya akan dicuri), tapi dia melepaskan diri dari planet ini . -- Kirk menyimpan Arbonath di brankas kapal . Tiga tahun (Hari ke-966) dalam misi lima tahunnya, USS Enterprise tiba di Star maju) stasiun ruang angkasa, untuk pasokan dan cuti darat untuk krunya . Kirk kelelahan dengan rutinitas perjalanan ruang angkasa yang tiada habisnya dan tidak dapat lagi membedakan kapan suatu hari berakhir dan hari berikutnya dimulai . Mereka terus mencari bentuk kehidupan baru untuk hubungan diplomatik yang kuat . Hidup bersama yang berkepanjangan telah memperumit dinamika antar personel . -- Kirk mengetahui bahwa ia bergabung dengan Starfleet karena sebuah tantangan, tidak seperti ayahnya sendiri, yang percaya pada misi dan prinsip-prinsipnya .

Berjuang untuk menemukan makna yang berkelanjutan dalam masa yang tak ada habisnyasifat misi eksplorasi mereka (dia percaya bahwa Alam Semesta benar-benar tidak ada habisnya sehingga eksplorasi tidak ada habisnya), Kapten James Kirk (Chris Pine) telah mengajukan promosi ke Wakil Laksamana dan komandan Yorktown . Dia merekomendasikan Spock (Zachary Quinto sebagai kapten baru Enterprise . -- Sementara itu, Hikaru Sulu (John Cho) berkumpul kembali dengan keluarganya, Montgomery Scott (Simon Pegg) bekerja untuk menjaga kapal tetap beroperasi, dan Spock serta Nyota Uhura (Zoe Saldana) secara damai mengakhiri hubungan mereka; dari New Vulcan bahwa Duta Besar Spock (masa depan Spock's dari garis waktu asli) telah meninggal . Enterprise dikirim dalam misi penyelamatan setelah pod pelarian keluar dari nebula terdekat yang belum dipetakan . Yang selamat, Kalara (Lydia Wilson) terdampar di Altamid, sebuah planet di dalam nebula . Dia mengatakan bahwa kapal itu sedang menjalankan misi ilmiah di dalam nebula ketika tidak berfungsi dan mendarat darurat di planet . Saat berada di dalam Nebula, Enterprise tidak memiliki komunikasi dengan Starfleet . The Enterprisemencapai Altamid, yang menunjukkan aktivitas bawah tanah yang sangat besar, namun tidak ada bentuk kehidupan di permukaan . -- Penyelamatan berubah menjadi penyergapan ketika Enterprise dengan cepat dicabik-cabik oleh segerombolan besar kapal-kapal kecil .

Kapal-kapal tersebut memiliki cangkang luar yang kuat yang dapat menembus Lambung perusahaan tanpa perlawanan apa pun . Phaser tidak efektif, dan torpedo tidak dapat melacak pergerakan mereka . Kapal menyerang dan melepaskan warp nacelles . -- Krall (Idris Alba) (Kapten Balthazar Edison, mantan komandan USS Franklin yang menjadi makhluk asing bermutasi yang kuat dengan nama samaran Krall) dan krunya menaiki kapal . Krall mengambil kendali peninggalan yang disebut Abronath yang diperoleh Kirk untuk misi diplomatik ke Teenaxi . Kirk berhasil menyerang Krall dan merebut kembali kendali Abronath, sebagaiKrall dilemahkan dengan paparan yang terlalu lama ke atmosfer seperti Bumi . Scotty berhasil mengalihkan daya cadangan ke mesin impuls untuk memberikan kendali pada Enterprise . Saat Enterprise mencoba melarikan diri ke Nebula, Krall memerintahkan serangan untuk memotong piringnyakoneksi bagian ke inti warp dan memutus sumber tenaganya . -- Scott diluncurkan ke luar angkasa dalam escape pod, tetapi Krall menangkap dan mengeluarkan banyak anggota awak dari kapal (mereka juga menangkap escape pod dari kapal) . untuk meninggalkan kapal saat bagian piring Enterprise meluncur menuju planet . Kirk memberikan Abronath kepada anggota kru untuk disembunyikan . Uhura mendorong Krall (yang mendapatkan cangkang kosong Abronath dan menyadari bahwa Kirk menyembunyikan senjatanya) ke dalam pod pelarian dengan sebelum dia bisa sampai ke Kirk .

Saat kapalnya hancur, Kirk memerintahkan evakuasi penuh . Kirk adalah orang terakhir yang pergi tepat sebelum piring terbangnya menabrak planet . -- Selama pelarian mereka, anggota kru yang berbeda mendarat di berbagai belahan planet permukaan, Sulu, Uhura, dan penyintas lainnya ditangkap oleh Krall . Sulu dan Uhura berhasil melarikan diri dari penjara mereka dan menemukan bahwa Krall memiliki banyak teknologi Federasi . Sulu menemukan bahwa Krall telah meretas database Yorktown dan telah melacakPerusahaan dari awal . Mereka berhasil mengirimkan sinyal marabahaya ke Yorktown tetapi kemudian ditangkap . Krall mengatakan bahwa sinyal marabahaya tersebut memiliki koordinat yang salah, yang berarti armada Yorktown akan terdampar di nebula dan pangkalan tidak akan berdaya. Krall mengatakan bahwa serangannya terhadap Federasi akan menyebar dari Yorktown . Kirk dan navigator Pavel Chekov (Anton Yelchin), ditemani oleh Kalara, menemukan bagian piring yang rusak . Kalara mengaku sebagai kapten kapal yang diserang oleh Krall dan bahwa dia menyandera krunya sampai dia menyerahkan Enterprise kepadanya . Kalara memimpin Kirk dan Pavel kembali ke Enterprise . Kirk ingin menggunakan pemindai kapal untuk mencari kru . Kalara diketahui sebagai sekutu Krall ketika Abronath karena dia tidak tahu bahwa Kirk telah menyembunyikannya . -- Untuk melarikan diri dari tentara Krall', Kirk mengaktifkan Pendorong yang masih berfungsi, menyebabkan piring meluncur ke depan, menghancurkan Kalara .

Kirk melacak panggilan yang dilakukan Kalara ke Krall dan menemukannya base . Sementara itu, Spock yang terluka dan Dr . Leonard McCoy (Karl Urban) mencari korban selamat lainnya . Spock mengaku kepada McCoy bahwa dia bermaksud meninggalkan Starfleet untuk melanjutkan pekerjaan mendiang Duta Besar Spock' di New Vulcan . Ini juga yang menjadi alasan dia Spock dan McCoy menemukan sebuah gua yang memiliki ukiran mirip dengan Abronath, menunjukkan bahwa itu berasal dari planet . Sementara itu, Scott diserang oleh musuh di planet tersebut, yang juga mendarat di sana seperti Enterprise . Dia diselamatkan oleh Jaylah (Sofia pemulung yang sebelumnya melarikan diri dari perkemahan Krall . Jaylah mengatakan bahwa Krall sedang mencari mesin kematian . -- Dia membawa Scott ke rumah daruratnya, USS Franklin yang dilarang terbang, kapal Starfleet awal yang dilaporkan hilang lebih dari satu abad sebelumnya . Itu adalah yang pertamaKapal Federasi yang mampu melakukan Warp 4 dan hilang di sabuk radiasi Gagarin pada tahun 2160an . Kirk dan Pavel memicu salah satu jebakan Jaylah dan bertemu kembali dengan Scott . Kirk dan Pavel kemudian menggunakan Franklin dan menemukan transmisi dari McCoy . Spock dan McCoy ditemukan . Mereka menentukan lokasi kru menggunakan mineral Vokaya unik pada kalung yang diberikan Spock kepada Uhura .

-- Menggunakan kapal sebagai pangkalan, mereka berencana untuk menyerang kamp Krall dan mengangkut kru ke Franklin, lalu melarikan diri Sementara itu, Krall menyadari bahwa Kirk menyembunyikan Abronath bersama krunya . Dia mengancam akan mengeksekusi mereka dan memaksa Ensign Syl (Melissa Roxburgh) untuk menyerahkan Abronath yang dia sembunyikan untuk Kirk (dia menyembunyikannya di otaknya saat kerangka luarnya terbuka) Abronath adalah separuh senjata biologis kuno yang hilang, diciptakan oleh penghuni asli planet ini yang dapat menghancurkan humanoid apa pun . Krall mendemonstrasikan Abronath kepada Uhura menggunakan Syl sebagai spesimen . -- Setelah perangkatnya lengkap, Krall bermaksud menyerang Yorktowndan membunuh penduduknya, dan, dengan menggunakan teknologi canggih Yorktown, terus menyerang Federasi . Kirk dan yang lainnya membebaskan kru saat Krall meluncurkan ke luar angkasa dengan senjata biologis, memimpin armada drone-nya ke Yorktown . Krall's krunya sebanyak mungkin tetapi kalah jumlah . Saat semua orang diangkut keluar, Kirk tetap di belakang karena Jaylah telah dilibatkan oleh salah satu petugas Krall . Kirk menyelamatkan Jaylah dan dia memahami arti menjadi bagian dari kru . Kru Starfleet Franklin (setelah Sulu menjatuhkan kapal dari tebing, dengan menggunakan mesin impuls, untuk menghidupkan mesin inti warp) . -- Spock menentukan bahwa gerombolan itu terkoordinasi dan karenanya harus bergantung pada beberapa frekuensi komunikasi . Jika terganggu, gerombolan itu mungkin dikalahkan .

Scott mengangkut Spock dan McCoy ke salah satu kapal drone Krall . Setelah mengirim pilotnya, mereka mengetahui bahwa transmisi VHF dapat mengganggu komunikasi Krall' dan menghancurkan armadanya . Mencocokkan frekuensi armada drone (577Mhz) dan menggunakan lagu 'klasik' Sabotase oleh Beastie Boys, mereka menghancurkan hampir seluruh armada . -- Krall dan tiga kapalnya yang selamat jatuh di Yorktown . Saat Krall melarikan diri ke kota, Uhura dan Kirk menemukan dari Franklin's Balthazar Edison, mantan kapten Franklin . Seorang prajurit manusia Pra-Federasi, Edison dibesarkan dalam perang . Edison menjadi kecewa dengan Federasi yang baru didirikan, menolak prinsip-prinsip persatuan dan kerja sama dengan mantan musuh . Ketika dia dan krunyaterdampar di Altamid oleh lubang cacing nakal, dia yakin Federasi sengaja meninggalkan mereka . Ketiga orang yang selamat memperpanjang hidup mereka dengan teknologi penduduk asli planet' yang telah punah (dengan mengorbankan fisiologi manusia dan banyak korban'hidup), dan mengarahkan kembali spesies' pekerja drone yang tidak aktif ke dalam kawanan . Krall sekarang berencana menghancurkan Federasi untuk melanjutkan konflik galaksi . Kirk mengejar Krall ke sistem ventilasi Yorktown, tempat Krall mengaktifkan senjata biologis . Sebelum bisa dilepaskan, Kirk mengeluarkan senjatanya dan Krall ke luar angkasa . Spock dan McCoy menyelamatkan Kirk beberapa saat sebelum dia juga terlempar ke ruang terbuka .

Kirk memilih untuk tetap menjadi kapten, dan Spock memilih untuk tetap di Starfleet dan melanjutkan hubungannya dengan Uhura . Jaylah diterimake Akademi Starfleet berdasarkan rekomendasi Kirk . -- Saat kru merayakan ulang tahun Kirk', mereka melihat pembangunan kapal baru mereka, USS Enterprise-A, dan setelah selesai, mereka berangkat untuk melanjutkan misi lima tahun mereka .