Turtle bersaudara bekerja untuk mendapatkan cinta dari Kota New York sambil menghadapi pasukan mutan . Setelah bertahun-tahun terlindung dari dunia manusia, para Turtle bertekad untuk memenangkan hati penduduk New York dan diterima sebagai remaja normal melalui tindakan heroik . Tapi mereka segera menjadi gila ketika pasukan mutan dilepaskan ke arah mereka . — Eksekutif Techno Cosmic Research Institute (TCRI) Cynthia Utrom (Maya Rudolph) mengirimkan pasukan untuk memburu ilmuwan nakal Baxter Stockman (Giancarlo Esposito), yang telah menciptakan cairan Mutagenik yang dengannya ia bermaksud untuk membentuk keluarga hewan mutannya sendiri, dimulai dengan alalat . Baxter diganggu oleh kekuatan serangan Cynthia dan terbunuh dalam ledakan yang diakibatkannya, sementara mutagen jatuh ke selokan Kota New York . Lalat mutan melarikan diri . -- Mutagen mengubah empat saudara penyu-Michelangelo (Shamon Brown Jr . Leonardo (Nicolas Cantu), Raphael (Brady Noon) dan Donatello (Micah Abbey) dan seekor tikus bernama Splinter (Jackie Chan) menjadi mutan humanoid, dimana Splinter mengadopsi kura-kura tersebut . Splinter tidak mempercayai kemanusiaan-terutama setelah satu pertemuan di mana dia dan kura-kura beradadiusir oleh manusia setelah Splinter membawa mereka ke Times Square untuk terjun pertama mereka ke dunia manusia-dan melatih putra-putranya dalam seni Ninjutsu, memerintahkan mereka untuk hanya meninggalkan selokan rumah mereka untuk mencuri perbekalan .

-- Selama bertahun-tahun, Kura-kura dan seperti manusia seusia mereka, Splinter kecewa . Splinter telah mengajari para Turtle untuk tidak berinteraksi dengan manusia, karena dia tahu bahwa manusia tidak akan pernah menerima siapa pun yang tidak mirip dengan mereka . Namun, terlepas dari itu, kura-kura terobsesi dengan untuk menjalani kehidupan normal seperti manusia lainnya . Leonardo adalah pemimpin kelompok, tetapi kura-kura lain menganggapnya serius dan cenderung mengabaikan nasihatnya untuk tetap konservatif dan tidak mengambil risiko yang tidak perlu dengan mengekspos diri mereka sendiri . Lima belas tahun kemudian, Kura-kura tersebutberlatih di atap ketika mereka menabrak seseorang di jalan dengan Bintang Ninja mereka . Untungnya, bintang itu mengenai helmnya, dan ketika dia berdebat dengan kura-kura, skuternya dicuri . Kura-kura memutuskan untuk membantunya karena ini adalah kesalahan mereka . skuter ke gudang dan kalahkan sekelompok penjahat untuk mendapatkan kembali moped curian milik seorang remaja bernama April O'Neil (Ayo Edebiri) . Ini adalah pertama kalinya kura-kura berkelahi dan mendapatkan kepercayaan diri pada kemampuan mereka . - mengungkapkan diri mereka dan asal usul mereka hingga April . April, seorang calon jurnalis yang berjuang untuk melewati insiden viral muntah-muntah di depan kamera, telah menyelidiki serangkaian perampokan teknologi TCRI oleh penjahat yang dikenal sebagai "Superfly" (Ice Cube) .

kata April dengan artikelnya, dia dapat membantu mengubah persepsi publik terhadap penyu . -- Cynthia menanggapi pencurian tersebut dengan memasang alat pelacak di semua perlengkapannya . Turtles berencana menghentikan Superfly dan, melalui pelaporan bulan April, mendapatkan penerimaan publik sebagai pahlawan bintang penyu dengan menyerang kru sewaan yang telah melakukan perampokan atas nama Superfly . -- Mereka mencegat teknologi yang dicuri dan bertemu Superfly di bawah Jembatan Brooklyn, menemukan bahwa dia bukan hanya seorang mutan, tetapi juga pemimpin seorang mutangeng (yang meliputi Rocksteady (John Cena), Bebop (Seth Rogen), Wingnut (Natasia Demetriou), Ray Fillet (Austin Post), Leatherhead (Rose Byrne), Genghis Frog (Hannibal Buress), Mondo Gecko (Paul Rudd) dan Scumbug dengan Superfly dan yang lainnya dan dia mengungkapkan ciptaan mereka di tangan Stockman, menjelaskan bahwa mereka menghindari TCRI dan tinggal di kapal yang ditinggalkan di Staten Island . -- Dia kemudian mengungkapkan bahwa dia berencana menggunakan teknologi curian untuk memutasi setiap hewan di dan menciptakan dunia di mana mutan mendominasi manusia . Superfly berencana menggunakan darahnya sendiri untuk membuat versi senjata dari cairan tersebut dan meluncurkannya ke atmosfer .

Dalam rencananya, manusia akan menjadi hewan peliharaan atau sumber bahan bakar bagi manusia Turtles mencoba untuk campur tangan, tetapi geng tersebut melarikan diri dengan peralatan sementara pelacak TCRI yang dipasang pada peralatan tersebut mundur bersama Turtles, memungkinkan mereka untuk ditangkap . Di markas TCRI, Cynthia mengekstrak mutagen Turtles', tetapi April tiba dengan Splinter untukselamatkan mereka . Cynthia ingin menggunakan DNA penyu untuk membuat Mutagen yang memungkinkannya membuat pasukan tentara super dengan karakteristik hewan manusia hibrida seperti Lumba-lumba, Elang, dan Ular . Splinter dan penyu menuju ke tempat persembunyian Superfly untuk berhentimesinnya . -- Di tempat persembunyian geng, Splinter dan Turtles meyakinkan Superfly dan geng bahwa rencana mereka untuk mendominasi tidak akan membuat mereka lebih baik daripada manusia terburuk, dan bersama-sama mereka menyerang Superfly, menghancurkan mesinnya . -- ke dalam air, menggabungkan satwa liar laut dengan Superfly, yang kemudian berubah menjadi Kaiju mirip paus raksasa setelah mengambil hewan dari kebun binatang terdekat . Dia menyerang kota, dan Kura-kura serta mutan lainnya berusaha menghentikannya tetapi dianggap oleh publik untuk sesama monster . Leonardo menemukan suaranya sebagai pemimpin sementara April mengatasi kecemasannya dan memimpin siaran berita untuk menjelaskan niat baik para mutan' dan warga New York datang membantu mereka .

Dengan bantuan warga dan mutan lainnya,Kura-kura menjatuhkan tabung mutagen retro TCRI ke dalam lubang sembur Superfly, mengubahnya kembali menjadi kumpulan hewan normal . Berdamai dengan Splinter, Turtles, April, dan para mutan dirayakan oleh kota . Para mutan segera pindah ke selokan Splinter dan Scumbug jatuh cinta dan Turtles mendaftar di sekolah menengah April, di mana mereka semua dianggap sebagai pahlawan . Sementara Turtles dan April bersenang-senang di pesta prom, mereka berada di bawah pengawasan Cynthia (menahan Superfly yang sekarang tidak bermutasi berencana untuk menangkap kembali Turtles dengan meminta bantuan Shredder misterius .