Kembali ke dunia dengan dua realitas: satu, kehidupan sehari-hari; Menderita delusi yang nyata, Thomas Anderson yang kelelahan, pencipta serial video game The Matrix (1999) yang memenangkan penghargaan, kini mengandalkan pil biru yang ampuh untuk mengusir setan dalam dirinya . Kemudian, di tengah visi yang tidak dapat dijelaskan dan menantang kenyataan, orang asing yang tampak familier membangkitkan emosi yang aneh, dan kondisi mentalnya yang sudah rapuh mulai memburuk . Saat Tuan Anderson mendambakan penjelasan sambil tertatih-tatih di ambang depresi, sekali lagi, dia menghadapi dilema yang mendesak dan beban hidup.pilihan . Di satu sisi, ketidaktahuan yang membahagiakan menjamin ilusi keamanan . Di sisi lain, kebenaran realitas yang tak tertahankan hanya bisa berarti satu hal: Matriks yang rumit melampaui batas imajinasi . Tapi, entah bagaimana, Thomas sudah tahu apa yang dia lakukan. lakukan . Namun, apakah dia ingin tahu seberapa dalam lubang kelinci itu?—Nick Riganas The Matrix telah kembali, dan Neo dan Trinity harus mengambil bentuk baru dari The Agents yang memiliki cengkeraman atas penjara digital yang menyandera seluruh umat manusia . Bisakah The One menyelamatkan The Matrix dari The Agents sebelum terlambat? —Johnny-the-Film-Sentinel-2187 Dalam simpul Matriks yang terisolasi, Bugs, kapten Mnemosyne, menemukan program yang menjalankan kode lama yang melibatkan penemuan lokasi Neo' oleh Trinity sebelum Agen Matriks menemukannya.

. Bugs menemukan salah satu agen berperilaku aneh dan menemukan sebenarnya perwujudan Morpheus dan membantu membebaskannya dari simpul sebelum terhapus . Thomas Anderson adalah pengembang game yang sukses, telah menciptakan trilogi game berdasarkan mimpinya tentang Matrix, dengan bantuan mitra bisnisnya Smith . Dia sebuah kedai kopi terdekat di mana dia terus bertemu Tiffany, seorang ibu yang sudah menikah yang mengingatkannya pada mimpinya tentang Tritunggal . Dia mengalami kesulitan memisahkan mimpi dari kenyataan, namun terapisnya berkonsultasi dengannya dan memberinya pil biru untuk membantu menjaga kewarasannya, meskipun dia kemudianmenolak untuk mengambilnya . Dia memperhatikan seorang penyusup di salah satu instance pribadinya dalam permainan, tetapi kemudian menemukan bahwa instance tersebut telah dihapus oleh Smith . Di luar Matrix, Bugs dan Morpheus menemukan sinyal Neo di dalam Matrix, meskipun ada keyakinan menghubungkan Neo ke Anderson, dan menyadari bahwa dia secara tidak sadar menjalankan simpul untuk memungkinkan Morpheus ditemukan. . Bugs dan sekutunya memasuki Matrix untuk membantu menemukan tubuh Neo' di dunia nyata, dan menemukan bahwa Smith adalah Agen Smith, yang telah atas aktivitas Anderson . Bugs membantu Anderson menghindari Smith dan kemampuan barunya untuk mengambil kendali atas banyak individu dalam Matrix sebagai segerombolan .

Bugs dan Morpheus menjelaskan kepada Anderson apa itu Matrix, dan dengan persepsinya tentang realitas yang sudah memudar,Anderson setuju untuk diekstraksi . Neo terbangun di dalam sebuah pod, menemukan bahwa pod terdekat berisi Trinity, namun entitas mesin, yang setia kepada Bugs, memulihkannya sebelum dia dapat membebaskannya . Dia dibawa ke Mnemosyne dan ke tempat perlindungan manusia baru di kepada Niobe yang sudah lanjut usia . Niobe menjelaskan enam puluh tahun telah berlalu di dunia nyata sejak berakhirnya Perang Mesin, dan manusia yang selamat telah bersekutu dengan mesin untuk menjaga sistem bekerja melawan Anomali di dalamnya . Niobe mengajak Neo menemui Sati, program yang dia temui sebelumnya, yang menjelaskan bahwa Anomali diciptakan setelah Perang Mesin dan entah bagaimana telah membangkitkan Neo dan Trinity dan membuat mereka terisolasi dari yang lain . Meskipun Neo ingin menyelamatkan Trinity, Sati memperingatkan bahwa mungkin ada konsekuensi dari hal ini .Niobe memerintahkan Neo untuk tetap berada di luar Matrix, tetapi Bugs dan yang lainnya setuju untuk menentang perintahnya untuk mencoba membantu membebaskan Trinity . Mengkoordinasikan kegiatan di dalam dan di luar Matrix, Neo dan Bugs memasuki Matrix tetapi bertemu dengan Smith dan program pengasingan lainnya yang diinginkan Matrix kembali ke keadaan semula .

Saat Bugs dan krunya melawan Orang buangan, Neo menghadapi Smith, perlahan-lahan mengingat kembali kemampuan sebelumnya untuk membengkokkan aturan realitas di dalam Matrix . Dengan kekalahan Smith, mereka membawa Neo ke bengkel Tiffany Neo dapat berbicara dengannya, terapisnya muncul dan memperlambat waktu . Terapis mengungkapkan dirinya sebagai Analis, sebuah program yang mempelajari jiwa manusia tetapi sejak itu tumbuh lebih kuat . Dia melihat Neo dan Trinity mati di akhir Perang Mesin pod kebangkitan untuk mempelajarinya lebih lanjut . Selama pengulangan yang tak terhitung jumlahnya, dia menemukan bahwa secara individual, keduanya tidak istimewa tetapi ketika mereka bekerja sebagai satu, mereka telah mengalahkan sistem . Jadi, Analis telah mengendalikan iterasi terbaru dari Matrix untukmenjaga keduanya tetap dekat satu sama lain tetapi mencegah mereka menjadi dekat . Karena hal ini telah membuat Anomali tidak stabil, mesin telah bersiap untuk me-reboot Matrix lagi, tetapi Analis telah menahannya . Dia mengancam akan membunuh Trinity jika Neo tidak kembali ke dimasukkan kembali ke podnya . Neo dan Bugs terpaksa meninggalkan Matrix ketika kapal lain yang setia kepada Niobe membawa Mnemosyne kembali ke Io . Neo memohon kepada Niobe untuk membiarkan dia kembali untuk mencoba membebaskan Trinity lagi, dan dia akhirnya setuju .

Di dalam Matrix mengundang Neo untuk sebuah tantangan, bahwa jika Trinity dengan sukarela melepaskan diri dari Matrix, Neo dapat mengambilnya, tetapi jika dia menolak, Neo akan kembali ke Matrix secara permanen; muncul . Dia awalnya tampak ingin pergi bersama mereka, tetapi segera menolak kenyataan itu dan mengakui bahwa dia adalah Trinity . Analis bersiap untuk membunuh mereka sebelum Smith ikut campur, menghentikan Analis untuk sementara dan memberikan waktu bagi Neo, Trinity, dan yang lainnya untukmelarikan diri . Neo dan Trinity berlomba ke depan untuk memberi Bugs dan yang lain waktu untuk mengekstraksi diri mereka, tetapi Analis mengubah segerombolan manusia yang dikendalikan melawan mereka . Pasangan itu berlomba ke gedung pencakar langit, dan tanpa tujuan lain, keduanya melompat dengan harapan Neo menerbangkan mereka . Sebaliknya, Trinity datang untuk belajar terbang dan keduanya melarikan diri dan mendapatkan kembali kendali atas Matriks . Setelah kejadian itu, Neo dan Trinity kembali menghadapi Analis, meyakinkannya bahwa dia akan menghadapi konsekuensi yang mengerikan jika dia mencoba merebutnya lagi . Neo dan Trinity keduanya terbang untuk mendesain ulang Matrix .