Awak kapal koloni, menuju planet terpencil, menemukan surga yang belum dipetakan dengan ancaman di luar imajinasi mereka, dan harus mencoba melarikan diri yang mengerikan . Pada tahun 2104, hampir sebelas tahun setelah ekspedisi naas ke bulan jauh LV-223 di Prometheus (2012), kapal kolonisasi luar angkasa USCSS Covenant sedang dalam perjalanan menuju planet terpencil Origae-6 . Membawa lebih dari 2.000 penjajah dalam kriogenik berusaha untuk membangun dunia baru . Sebaliknya, transmisi jahat membujuk para kru ke planet terdekat yang dapat dihuni yang menyerupai Bumi . Namun tidak ada yang dapat mempersiapkan kru ambisius untuk menghadapi bencana lain di wilayah yang belum dipetakan . Ketika operasi eksplorasi yang damai berubah menjadi sebuahmisi penyelamatan yang panik, musuh biologis yang melampaui pemahaman manusia mengancam masa depan bahkan sebelum dimulai . Di kedalaman ruang angkasa, teror menampakkan wajah mengerikannya . Adakah yang pernah menginjakkan kaki di planet misterius dan hidup untuk menceritakan kisahnya?—Nick Riganas Saat itu tahun 2104 . Perjanjian pesawat ruang angkasa menuju planet terpencil untuk menjajahnya . Kapten kapal terbunuh dalam kecelakaan yang aneh, meninggalkan Pejabat Eksekutif yang bertanggung jawab . Dia membuat keputusan untuk menyelidiki planet terdekat di itu, sebagai pengganti misi awal mereka . Hal ini memiliki konsekuensi yang dramatis dan luas .

—hibah Awak kapal koloni Covenant, menuju planet terpencil di sisi jauh galaksi, menemukan apa yang mereka anggap sebagai surga yang belum dipetakan, namun sebenarnya adalah dunia yang gelap dan berbahaya . Ketika mereka menemukan ancaman di luar imajinasi mereka, mereka harus pelarian yang mengerikan . —Twentieth Century Fox Dalam prolog, Peter Weyland (Guy Pearce) berbicara dengan sintetisnya yang baru diaktifkan (Michael Fassbender), yang memilih nama "David" setelah melihat replika patung David dalam Alkitab karya Michelangelo . Weyland memberi tahu David bahwa suatu hari pencipta umat manusia bersama-sama . Pada tahun 2104 kapal kolonisasi Covenant menuju planet terpencil, Origae-6, dengan dua ribu penjajah dan seribu embrio di dalamnya . Kapal tersebut diawasi oleh Walter (Michael Fassbender), seorang sintetis yang lebih baru secara fisik model David sebelumnya . Ledakan neutrino tiba-tiba merusak kapal, membunuh beberapa penjajah . Walter memerintahkan komputer kapal untuk membangunkan awak kapal dari stasis, tetapi kapten kapal, Branson, meninggal ketika pod stasisnya tidak berfungsi . Saat memperbaiki mengambil transmisi radio dari planet tak dikenal terdekat . Melawan keberatan Daniels (Katherine Waterston), istri Branson, penerus kapten Oram (Billy Crudup) memutuskan untuk menyelidiki . Saat Kovenan tetap berada di orbit, tim ekspedisi turun kepermukaan planet dan melacak sinyal transmisi ke kapal Insinyur yang jatuh .

Saat berada di permukaan, anggota tim keamanan Ledward (Benjamin Rigby) dan Hallett (Nathaniel Dean) secara tidak sengaja terinfeksi spora alien . Karine (Carmen Ejogo), Oram membantu Ledward yang sakit parah kembali ke pendarat, di mana Maggie (Amy Seimetz), istri pilot Tennessee (Danny McBride), mengkarantina mereka berdua di dalam med-bay . Sebuah Neomorph meledak dari punggung Ledward, membunuhnya, lalu menganiaya Karine menembak makhluk yang tumbuh dengan cepat tetapi secara tidak sengaja menabrak tangki bensin, menyebabkan ledakan yang menghancurkan pendarat dan membunuhnya . Neomorph melarikan diri ke permukaan planet sementara makhluk lain meledak dari tenggorokan Hallett, membunuhnya . Kedua Neomorphserang anggota kru yang tersisa dan bunuh Ankor (Alexander England) . Para kru berhasil membunuh salah satu alien sebelum David, yang selamat dari misi Prometheus, menyelamatkan kru dan membawa mereka ke kota yang penuh dengan mayat Insinyur . David memberi tahu mereka bahwa setelah Kedatangan Dr . Elizabeth Shaw' (Noomi Rapace) di planet ini, kapal Insinyur mereka secara tidak sengaja melepaskan senjata biologis cair hitam yang membunuh penduduk asli, dan Shaw meninggal ketika kapal itu jatuh dalam kekacauan yang terjadi kemudian .

Setelah anggota kru memberi tahu misi mereka, mereka mencoba mengirim radio Perjanjian untuk meminta bantuan, tetapi Neomorph yang masih hidup menyusup ke kota dan menemukan Rosenthal (Tess Haubrich) sendirian sebelum memenggal kepalanya . David mencoba berkomunikasi dengan makhluk itu dan merasa ngeri ketika Oram membunuhnya . Di bawahDengan todongan senjata Oram, David mengungkapkan bahwa alien tersebut adalah hasil eksperimennya dengan cairan hitam sebagai katalis untuk menciptakan spesies baru . Dia membawa Oram ke ruang inkubasi dan menipunya agar dipeluk oleh Face-Hugger, yang ditanamkan . Xenomorph segera keluar dari dada Oram, membunuhnya . Saat yang lain mencari Oram dan Rosenthal, Walter menghadapi David setelah menyadari bahwa David sengaja melepaskan cairan hitam ke arah Insinyur . David menjelaskan bahwa dia percaya manusia adalahspesies inferior dan tidak boleh diizinkan untuk menjajah galaksi . Ketika Walter tidak setuju, David melumpuhkan dia dan menangkap Daniels, mengungkapkan kepadanya bahwa dia juga membunuh Shaw dan menggunakan mayatnya untuk eksperimennya . Walter mengaktifkan kembali dirinya dan melibatkan David,memungkinkan Daniels untuk melarikan diri sementara Lope (Demián Bichir) diserang oleh Face-Hugger . Cole (Uli Latukefu) menyelamatkan Lope sebelum mereka disergap oleh Xenomorph yang sekarang sudah dewasa, yang membunuh Cole . Tennessee tiba di pendarat lain untuk mengekstraksi Daniels, Lope, Walter yang tampaknya menang .

Mereka membunuh Xenomorph sebelum merapat dengan Perjanjian; bantuan, Tennessee dan Daniels menyudutkan makhluk itu di kunci udara Perjanjian dan membuangnya ke luar angkasa . Perjanjian melanjutkan perjalanannya ke Origae-6, dan kru yang selamat kembali memasuki keadaan statis . Saat Walter menempatkan Daniels di bawah, dia menyadari bahwa dia adalah untuk melarikan diri dari pod stasisnya sebelum tertidur . Sekarang mengendalikan kapal dan populasinya, David memuntahkan dua embrio alien dan menempatkannya di tempat penyimpanan dingin di samping embrio manusia . Dia kemudian menggunakan nama Walter untuk mencatat log yang menyatakan bahwa semua anggota kecuali Daniels dan Tennessee terbunuh oleh ledakan neutrino di awal film .