Saat bermain-main di atas kapal pesiar, para Chipmunks dan Chipettes secara tidak sengaja pergi ke laut dan berakhir terdampar di surga tropis . Mereka menemukan wilayah baru mereka tidak sepi seperti kelihatannya . Saat mereka sedang berlibur dengan kapal pesiar, enam tupai selebriti muda tersesat di laut dan berakhir di pulau tak dikenal . Mereka hanya punya waktu terbatas untuk mencari cara keluar dari pulau dan kembali ke rumah . Sepanjang jalan, mereka mengalami beberapa pengalaman. ubah segalanya . —RECB3 Dua tahun setelah peristiwa film kedua, Dave (Jason Lee), the Chipmunks (Justin Long, Matthew Gray Gubler, dan Jesse McCartney) dan the Chipettes (Christina Applegate, Anna Ferris, dan Amy Pohler) berangkat dengan kapal pesiar menuju Kedua kelompok tersebut akhirnya menciptakan masalah; Hawke (David Cross) bekerja sebagai pengawas keselamatan kapal dengan berpakaian seperti burung pelikan, dan keluar untuk memberi tahu kapten jika Chipmunks dan Chipettes menyebabkan lebih banyak masalah . Keesokan harinya, Alvin memutuskan untuk pergi para-berlayar dengan layang-layang tetapi Tupai lainnya . Dave menaiki pesawat layang layang untuk mencoba menemukan mereka tetapi Ian mencoba menghentikannya, yang mengakibatkan mereka berdua berakhir di Samudera Pasifik . Sementara itu, para Tupai menemukan sebuah pulau dan mereka tidur malam itu . Dave mendaftar pulau dan mulai mencari Tupai .

Keesokan paginya para Tupai pergi dan mencari makanan dan saat melakukannya, seorang pulau terbuang bernama Zoe (Jenny Slate) muncul dan melihat tupai untuk pertama kalinya . Mereka kemudian pergi ke pohon Zoe' pergelangan kaki dan Simon digigit laba-laba; menjadi tertarik pada Jeanette tetapi tidak ramah terhadap Alvin dan Brittany . Kemudian, Zoe membawa "Simone", Jeanette, Eleanor dan Theodore ke sebuah danau dengan air terjun dan "Simone" menemukan sebuah gua . Dia kembali dengan gelang emas yang dia Brittany dan Alvin melihat gunung berapi aktif keesokan harinya dan mereka memutuskan bahwa mereka harus meninggalkan pulau bersama yang lain . Theodore dan "Simone" menemukan Dave dan Ian dan mereka pergi menemui tupai lainnya . Mereka semua mulai menyiapkan rakit pulau dan semua orang diberi pekerjaan . Ketika Jeanette dan "Simone" pergi mencari makanan, "Simone" pingsan dan Jeanette diculik; Mereka menemukan bahwa Zoe telah membawa Jeanette dan mereka menuju ke air terjun . Ketika mereka mendekati batang pohon untuk menyeberang, Dave dan Alvin memutuskan untuk pergi dan mencari Jeanette .

Saat Zoe memaksa Jeanette untuk mendapatkan harta karun di gua dengan mengikatnya ke tali dia tidak pernah terbuang, tetapi datang ke pulau itu dengan sengaja untuk menemukan harta karun itu, tetapi karena efek tinggal sendirian di pulau itu selama sepuluh tahun, dia menjadi gila secara mental dan dengan kejam rela menemukan harta karun itu dengan cara apa pun . Alvin penyelamatannya . Pulau mulai bergemuruh lagi dan Zoë melepaskan talinya dan Jeanette berlari bersama Dave dan Alvin kembali ke rakit . Ketika mereka mencapai batang kayu untuk menyeberang, Dave hampir jatuh . Alvin dan Ian yang telah berubah meyakinkan Zoe untuk membantu menyelamatkan rakit dan lolos dari letusan .Saat berada di atas rakit, Zoe meminta maaf kepada Jeanette karena telah menculiknya dan memaksanya untuk mendapatkan harta karun itu . Sebagai hadiah, Jeanette memberi Zoe gelang emas yang diberikan Simon kepadanya . Alvin berdamai dengan Dave dan mereka The Chipmunks and Chipettes tampil di Penghargaan Musik Internasional . Ian juga memulai karir baru sebagai penulis skenario dengan menjual skenario tentang kisah Zoe ke Hollywood, memberinya kekayaan kembali dan menjadikan Zoe terkenal . Dan dalam penerbangan pulang Alvin berbicara tentangmicrophone . Dan Dave berteriak "Allllvvviiiinnnnnnn!"