Sonic, Knuckles, dan Tails bersatu kembali melawan musuh baru yang kuat, Shadow, penjahat misterius dengan kekuatan yang belum pernah mereka hadapi sebelumnya . Dengan kemampuan mereka yang tak tertandingi, Tim Sonic harus mencari aliansi yang tak terduga . Sonic, Knuckles, dan Tails bersatu kembali melawan musuh baru yang kuat, Shadow, penjahat misterius dengan kekuatan yang belum pernah mereka hadapi sebelumnya . Dengan kemampuan mereka yang tak tertandingi dalam segala hal, Tim Sonic harus mencari aliansi yang tidak terduga dengan harapan bisa berhentiBayangan dan lindungi planet ini . Senjata rahasia, Project Shadow bangkit kembali dan menyebabkan kehancuran di seluruh dunia . Tim Sonic mencoba campur tangan tetapi kekuatan Shadow terlalu berat untuk ditangani oleh kru . Sonic kemudian memutuskan untuk bekerja sama dengan Robotnik saat mereka melakukan petualangan global untuk Sonic the Hedgehog 3Prolog: Shadow's OriginFilm ini dimulai dengan sekilas latar belakang Shadow the Hedgehog . Dibuat oleh Profesor Gerald Robotnik sebagai bagian dari Project Shadow, Shadow dirancang untuk menjadi bentuk kehidupan tertinggi, diberkahi dengan kekuatan luar biasa . Sebagaibahaya proyek menjadi jelas, Shadow ditempatkan dalam keadaan statis . Motivasi utamanya berakar pada keinginan terakhir temannya Maria Robotnik: untuk menciptakan dunia yang lebih baik . Setelah kematian tragis Maria, ingatan Shadow berputar, menuntunnya dia malah menghancurkan dunia .

Ketenangan Sebelum BadaiSonic, Knuckles, dan Tails menikmati momen kedamaian yang langka, menikmati ketenangan yang mereka peroleh dengan susah payah . Namun, kedamaian ini hanya berumur pendek . Serangkaian gangguan global-gempa bumi, pemadaman listrik ledakan-mulai mendatangkan malapetaka di seluruh dunia . Gangguan ini akhirnya ditelusuri kembali ke sosok misterius, kemudian terungkap menjadi Shadow the Hedgehog . keterlibatan G . U . N . ' . G . U . N . (Unit Penjaga Bangsa) mengidentifikasi Shadow sebagai sumber kekacauan . Dengan pilihan terbatas, G . U . N . menghubungi Sonic, Knuckles, dan Tails untuk membantu menghentikan bencana yang akan datang . Ditugaskan untuk membantu mereka adalah seorang operator G . U . N . yang tidak disebutkan namanya, Shadow selama pertempurannya di Tokyo . Setelah menyaksikan secara langsung kehancuran yang ditimbulkan oleh Shadow, karakter ini bertugas membantu Sonic dan timnya . Misi mereka adalah mengumpulkan informasi, percaya G . U . N . Mungkin memiliki pengetahuan untuk menghentikan bayangan .Insiden LondonTim melakukan perjalanan ke G . U . N . HQ di London untuk mengumpulkan lebih banyak intelijen tentang aktivitas Shadow . Seorang Pekerja G . U . N . yang tidak disebutkan namanya menemani mereka, membantu Sonic, Tails, dan Knuckles menavigasi birokrasi yang rumit . Di Tujuan Shadow adalah mencoba mengaktifkan kembali ARK .

Saat mereka mempersiapkan langkah selanjutnya, Shadow menyusup ke fasilitas untuk mencoba mempelajari lebih lanjut tentang dirinya, yang mengarah ke konfrontasi kekerasan . Dalam kekacauan berikutnya, Shadow melukai Tom dengan parah . Kemarahan Sonic mendidih dia menjadi termakan oleh keinginan untuk membalas dendam . Kemarahan Sonic' Kemarahan Sonic terhadap Shadow meningkat setelah Tom' terluka . Meskipun Tails' keberatan, Sonic bersikeras mencari bantuan dari Dr . Robotnik untuk melawan Shadow . Tails tidak nyaman dengan hal ini tapi Sonic, didorong oleh kebutuhannya untuk membalas dendam, menepis kekhawatirannya . Karakter yang tidak disebutkan namanya, sambil memahami frustrasi Sonic, menyarankan agar mereka tetap fokus menghentikan rencana Shadow daripada hanya membalas dendam . Mencari Bantuan Robotniktim melacak Dr . Robotnik, yang setuju untuk membantu, menyadari ancaman yang ditimbulkan oleh Shadow . Namun, Robotnik meminta pembayaran atas bantuannya: salah satu duri Sonic . Sonic dengan enggan setuju, menyerahkan pena bulu . Setelah menerimanya, Robotnik kepala, membuang tampilan biasanya dan mengadopsi setelan baru yang lebih halus untuk menandakan kesiapannya untuk bertempur . Dengan sekutu G . U . N . baru, mereka mulai merumuskan rencana .

Pertemuan Robotnik Gerald RobotnikSaat mereka menyelidiki sejarah Shadow lebih jauh untuk melakukan perjalanan ke pulau penjara mereka menemukan bagian bawah tanah yang menyimpan file dan bayangan yang tampak seperti bayangan tabung tua, Robotnik berpisah dari kelompok menuju ke ruangan selanjutnya dan menemukan kakeknya, Profesor Gerald Robotnik, hidup di Pulau Penjara. Gerald mengungkapkan bahwa dia diam-diam berencana untuk mengaktifkan kembali Project Shadow . Dia bersembunyi, didorong oleh keinginannya untuk membalas dendam terhadap umat manusia atas kematian Maria . Gerald mengungkapkan rencana utamanya: menggunakan Eclipse Cannon di atas Bahtera, sebuah ruang dengan potensi yang mengakhiri dunia, dan saat berjalan-jalan memperhatikan pena sonik dari punggung Robotnik' mengambilnya . Robotnik, ngeri dengan wahyu ini, berkonflik . Dia ingin menguasai dunia, bukan menghancurkannya . Gerald berangkat, meninggalkan Robotnik sebagai dia beritahu sonic . Perjalanan ke Bahtera Menggunakan cincin untuk bepergian, Sonic, Knuckles, Tails, Robotnik, dan karakter baru tiba di Tabut . Setibanya di sana, mereka menyadari betapa beratnya rencana Gerald dan ancaman besar yang ditimbulkan oleh Gerhana Sonic-robot yang meniru Sonic sendiri menggunakan pena bulu sonik yang dia ambil, dan dirancang untuk menunda rencana Shadow' untuk melanjutkan . Saat mereka melangkah lebih jauh ke dalam Tabut, mereka bersiap untuk pertempuran multi-front .

Tangkapan Sonic' dan berpencar untuk menutupi lebih banyak wilayah, Konfrontasi antara Sonic dan Shadow sangat intens . Sonic, sekarang dalam bentuk Supernya, bertarung melawan Shadow, yang tetap dalam bentuk biasa . Energi kekacauan dari pertarungan mereka menyebabkan gangguan pada sistem Ark', menyebabkan . Distorsi ini mengungkapkan garis waktu alternatif dan sekilas peristiwa masa lalu, memberikan Robotnik wawasan tentang situasi yang berkembang dan gravitasi konflik mereka. Bayangan menangkap Sonic, menguncinya di sebuah ruangan di Bahtera menuju ke ruangan tempat dia dan Maria akan berada.lihat bumi bertanya-tanya apakah ini yang dia inginkan . saat buku-buku jari ekor dan karakter baru melawan mecha sonic saat karakter baru mengambil pukulan terakhir menghancurkan mecha sonic . Setelah itu, Tails mendapat informasi tentang Gerald melepaskan bot teror di bumi, Tailskembali ke Bumi untuk melawan pasukan robot Gerald, yang meneror warga sipil . Tails melakukan yang terbaik untuk melindungi orang-orang sambil juga mencoba melemahkan pertahanan Gerald dari Bumi . Hati-ke-Hati Sementara Sonic terjebak, sendirian dan menghadapinya . Dalam percakapan yang menyentuh hati, mereka mendiskusikan arti sebenarnya dari kata-kata terakhir Maria, menanyainya tentang ingatannya dan apakah dia yakin bahwa dia salah atau bahkan bayangan sebenarnya .

Karakter yang tidak disebutkan namanya bertanya kepada Shadow tentang janji yang dia buat itu benar-benar menyakiti mereka atau membantu mereka . Saat Shadow mendengarkan, kenangan akan cinta dan kebaikan Maria mulai muncul ke permukaan, melunakkan hatinya yang mengeras . Shadow akhirnya meminta maaf, menyadari bahwa kebenciannya telah mengaburkan penilaiannya, dan bersumpah untuk menepati janjinya dan karakter yang tidak disebutkan namanya . The Ark's Core dan The prototypeShadow, sekarang bertekad untuk menebus kesalahan, membebaskan Sonic dari ruangan . Mereka berdua, bersama karakter baru, menuju ke inti Ark's untuk menonaktifkan Eclipse Cannon . Just senjatanya untuk menyerang, Gerald turun tangan, mengungkapkan kartu asnya: Bio-Lizard, prototipe bentuk kehidupan pamungkas yang sangat besar dan menakutkan . Gerald diam-diam telah mempersiapkan Bio-Lizard, percaya bahwa itu akan menghancurkan siapa pun yang menghalanginya. Pertempuran Terakhir dengan Bio-Lizard Didukung oleh Chaos Emeralds dan Master Emerald, Bio-Lizard terbangun sebagai makhluk raksasa, tumbuh bahkan lebih kuat dari yang diperkirakan . Ia menyerap energi Ark' dan mulai menyeret stasiun ruang angkasa menuju Bumi,bersiap untuk mengaktifkan Eclipse Cannon . Shadow mampu mendorong karakter baru ini keluar dari jalurnya saat bio kadal tumbuh mendorong sonic dan shadow ke dalam ruang hampa saat sonic dan shadow keduanya bertenaga dalam bentuk Super mereka secara tiba-tiba untuk melawan Bio- planet .

Bentuk kehidupan pamungkas Saat pertempuran mencapai klimaksnya, Shadow menggunakan kekuatan terakhirnya untuk memindahkan Tabut dari Bumi, mencegahnya menembak . Lelah dan melemah, Shadow mengorbankan dirinya untuk memastikan bahwa Bio-Lizard dan Tabut lagi menjadi ancaman . Sonic mencoba menyelamatkannya, tetapi Shadow jatuh ke Bumi, tindakan terakhirnya adalah pengorbanan heroik . The AftermathSonic, Tails, Knuckles, Robotnik, dan karakter baru kembali ke Bumi . Robotnic menyatakan bagaimana dia tidak dapat mempercayai perannya hancurkan dunia sebelum menghilang Sonic merefleksikan kepahlawanan Shadow dan tindakan tanpa pamrih yang menyelamatkan planet ini . Cincin penghambat Shadow ditinggalkan di rumah Wakowski sebagai penghormatan atas warisannya